01 PRESIDENCIA EJECUTIVA

02 UNIDAD DE AUDITORIA INTERNA

03 UNIDAD TECNICA DE INSPECIÓN A SERVICIOS ADUANEROS

04 UNIDAD DE COMUNICACION SOCIAL

05 UNIDAD DE LUCHA CONTRA LA CORRUPCIÓN

06 COMANDO NACIONAL DE CONTROL OPERATIVO ADUANERO

07 GERENCIA GENERAL

08 UNIDAD DE PLANIFICACIÓN ESTRATÉGICA INSTITUCIONAL

09 UNIDAD DE ESTUDIOS ECONOMICOS Y ESTADISTICOS

10 UNIDAD DE SERVICIO A OPERADORES

11 AGENCIA DE ADUANA EXTERIOR ARICA

12 AGENCIA DE ADUANA EXTERIOR MATARANI

13 UNIDAD DE EJECUCIÓN DEL PROYECTO NUEVO SISTEMA DE GESTIÓN ADUANERA

14 GERENCIA NACIONAL DE NORMAS

15 GERENCIA NACIONAL DE FISCALIZACIÓN

16 GERENCIA NACIONAL DE SISTEMAS

17 GERENCIA NACIONAL DE ADMINISTRACIÓN Y FINANZAS

18 GERENCIA NACIONAL JURIDICA

19 GERENCIA REGIONAL LA PAZ

20 GERENCIA REGIONAL ORURO

21 GERENCIA REGIONAL POTOSI

22 GERENCIA REGIONAL SANTA CRUZ

23 GERENCIA REGIONAL TARIJA

24 GERENCIA REGIONAL COCHABAMBA