001. GERENCIA NACIONAL JURÍDICA
002. GERENCIA NACIONAL DE ADMINISTRACIÓN y FINANZAS
003. GERENCIA NACIONAL DE TECNOLOGÍAS DE LA INFORMACIÓN
004. GERENCIA NACIONAL DE RIESGOS Y FISCALIZACIÓN
005. GERENCIA NACIONAL DE OPERACIONES ADUANERAS
006. GERENCIA NACIONAL DE NORMAS
007. UNIDAD DE PLANIFICACIÓN ESTADÍSTICA Y CONTROL DE GESTIÓN
008. UNIDAD DE CONTROL DE CONCESIONES E INVERSIÓN PÚBLICA
009. UNIDAD TÉCNICA DE INSPECCIÓN DE SERVICIOS ADUANEROS
010. UNIDAD DE TRANSPARENCIA Y LUCHA CONTRA LA CORRUPCIÓN
011. UNIDAD DE AUDITORÍA INTERNA
012. UNIDAD DE COMUNICACIÓN SOCIAL Y RELACIONES PÚBLICAS
013. UNIDAD DE CONTROL OPERATIVO ADUANERO
014. GERENCIA REGIONAL SANTA CRUZ