La Aduana Nacional de Bolivia está conformado por un Directorio, cuya Presidencia Ejecutiva tiene bajo su dependencia 6 áreas de apoyo.

La descripción de las mismas son:El Staff de Asesoría General; asesora a la Presidencia Ejecutiva en la administración del sistema aduanero, en función de las necesidades y requerimientos de esta.
El Staff de Auditoria Interna; se encarga de precautelar la gestión de desarrollo bajo principios legales y procedimientos administrativos vigentes.

1. La Unidad de Comunicación Social y Relaciones Públicas; se encarga de definir, producir y ejecutar a nivel nacional, estrategias de comunicación para informar y coadyuvar a la generación de una conciencia tributaria aduanera en la ciudadanía. Es responsable de proyectar una imagen favorable de la institución.
2. La Unidad Técnica de Inspección a los Servicios Aduaneros; es la encargada de efectuar el control por sustitución temporal y sorpresiva a los funcionarios responsables de la Aduana Nacional, a efectos de comprobar la correcta aplicación de la normativa aduanera, desarrollando para este fin planes, estrategias, métodos y sistemas de seguimiento, inspección y control del desenvolvimiento aduanero.
3. La Unidad de Control Operativo Aduanero; la cual debe planificar y ejecutar sistemas de inspección, integración, resguardo, vigilancia y control aduanero de mercancías que circulen por vías terrestre, fluvial, lacustre o aérea, dentro el territorio nacional.
4. La Unidad de Lucha Contra la Corrupción; encargada de aportar pruebas para los procesos sumarios y para la sustanciación de procesos penales a accionarse mediante el Consejo Nacional de Lucha Contra la Corrupción, así como el seguimiento de los casos procesados en dicha unidad hasta su culminación, a efectos de promover la sanción de delitos e infracciones administrativas.