La Misión de la Aduana Nacional para el periodo 2021-2025 es:

"Contribuir al desarrollo económico del país mediante la recaudación aduanera, lograda a partir de una gestión transparente, ágil y oportuna, a través de la facilitación, control y fiscalización de las operaciones de comercio exterior, reprimiendo los ilícitos aduaneros en beneficio de la producción e industria nacional"